Проблема реформи духовної освіти в Українській Православній Церкві Київського Патріархату постала з кінця 90-х років ХХ століття – початку ХХІ століття. З цією метою в 2001-2002 навчальному році було проведено реорганізацію навчального плану і поглиблено вимоги щодо вступу в Духовні Академії та Семнарії УПЦ Київського Патріархату. Після підписання спільного освітнього договору між Київською Духовною Академію і Чернівецьким національним університетом 18 квітня 2003 року значно покращилось становище теологічного відділення Філософсько-Теологічного факультету Чернівецького національного університету.
Сучасна проблема реформи духовної освіти передбачає перш за все зміну у навчальному процесі, зокрема реформування схеми 4+4, зрівняння у соціальних правах студентів духовних навчальних закладів із студентами вищих навчальних державних закладів. Замість традиційної схеми на базі Духовних Академій в Києві і Львові рішенням Священного Синоду від 13 травня 2006 року створено Православні Богословські Академії, прирівнявши їх до вищих навчальних державних 3-го та 4-го рівня акредитації з п ятирічним терміном навчання та наданням студентам після чотирьох років навчання – диплому бакалавра богослів я, а після п яти років навчання – диплому магістра богослів я. Духовним Семінаріям у Луцьку, Рівному, Тернополі та Івано-Франківську Священний Синод надав статус навчальних закладів з чотирьохрічним терміном навчання, прирівнявши їх до 3 – го рівня акредитації вищих державних навчальних закладів та наданням їх випускникам – диплому бакалавра богослів я та права на продовження навчання в Православних Богословських Академіях у Києві та Львові. Після закінчення Богословських Академій і успішного захисту диплому магістра богослів я випускники мають право продовжити навчання в Аспірантурі Академії на стацинарному і заочному відділах терміном в 3 роки і здобути вчену ступінь кандидата наук.
Священний Синод УПЦ Київського Патріархату, відповідно до запропонованої реформи духовної освіти, зобов язав Учбовий комітет привести у відповідність навчальні плани та програми Православних Богословських Академій та Духовних Семінарій, їх статути та увести в дію реформу з 2006-2007 навчального року. Правила вступу до Богословських академій і семінарій для абітурієнтів залишилися без змін.
Така реформа духовної освіти сприятиме якісному покращенню навчального процесу та вихованню студентів, а також підготовці висококваліфікованих кадрів священнослужителів, викладачів духовних навчальних закладів, працівників синодальних та єпархіальних управлінь і місій УПЦ Київського Патріархату. Дана реформа також сприятиме введенню нових фундаментальних богословських, історичних, гуманітарних та соціально-економічних дисциплін та спецкурсів в духовних навчальних закладах нашої Церкви.