Академічний храм на честь св. апостола і євангелиста Іоана Богослова, як і аналогічні йому трапезні храми Видубицького в Києві, Троїцького в Чернігові та Густинського монастирів – одноповерховий, форми видовженого прямокутника з вузькою в плані церквою на сході. Церква св. ап. Іоана Богослова – одноярусна, дводільна з восьмигранним підбанником увінчаним низькою шоломуватою банею, яка була позолочена у 1894 р.

Трапезний храм св. ап. і євангелиста Іоана Богослова стає першою відреставрованою будівлею – пам'яткою Михайлівського Золотоверхого монастиря. Він також був одним з перших храмів Києва, після передачі його Церкві в часи перебудови в 1990 рр., де богослужіння велось українською мовою.

З 1991 р – кафедральний собор Української Автокефальної Православної Церкви, а з червня 1992 р. належить Українській Православній Церкві Київського Патріархату.

З відкриттям у 1992 р. в стінах зруйнованого Михайлівського монастиря Київської Духовної Академії і Семінарії трапезна церква св. ап. і євангелиста Іоана Богослова стає академічним храмом Київських духовних шкіл. Тут відбуваються усі святкові богослужіння пов'язані із життям Духовної школи, проходять священичу та дияконську практику молоді священослужителі, лунають величні піснеспіви академічного хору. Від усього цього старенький храм омолодів і тільки забілені розписи нагадують про недавнє минуле цієї визначної пам'ятки Свято-Михайлівського Золотоверхого монастиря та унікальної святині усього українського народу.

Отже, трапезний монастирський храм, подібно до свого покровителя святого апостола і євангелиста Іоана Богослова який будучи наймолодшим за усіх учнів Христових прожив найдовше й упокоївся у глибокій старості, вистояв лихолітні часи комуністичного терору й гоніння на Церкву й усе що із цим пов'язане, є живим свідком для майбутніх поколінь та місцем де моляться й набувають богослужбового досвіду майбутні пастирі Української Православної Церкви.